Rafael Márquez tiene nueve pérdidas contra ocho oponentes en su carrera de boxeo. Para una lista de las mejores peleas de Márquez, consulta "Mejores peleas de Rafael Márquez".
El 7 de septiembre de 2013 Rafael Márquez se enfrentó a Efrain Esquivias a la edad de 38. Él entró con un récord de 41-9 (37). Márquez perdió la pelea por KO en el asalto 9º.
El 27 de octubre de 2012 Rafael Márquez se enfrentó a Cristian Mijares a la edad de 37. Él entró con un récord de 41-8 (37). Márquez perdió la pelea por TKO en el asalto 9º.
El 1 de octubre de 2011 Rafael Márquez se enfrentó a Toshiaki Nishioka en un combate de supergallo titulado por el título CMB. Márquez tenía 36 años y un récord de 40-7 (36), y Nishioka tenía 35 años y un récord de 38-4-3 (24). Márquez perdió la pelea por asalto 12º decisión unánime.
El 6 de noviembre de 2010 Rafael Márquez se enfrentó a Juan Manuel López en un combate de pluma titulado por el título OMB. Márquez tenía 35 años y un récord de 39-6 (35), y López tenía 27 años y un récord de 29-0 (26). Márquez perdió la pelea por asalto 8º retiro.
El 1 de marzo de 2008 Rafael Márquez se enfrentó a Israel Vázquez en un combate de supergallo titulado por los títulos CMB y The Ring. Márquez tenía 32 años y un récord de 37-5 (33), y Vázquez tenía 30 años y un récord de 42-4 (31). Márquez perdió la pelea por asalto 12º decisión dividida.
El 4 de agosto de 2007 Rafael Márquez se enfrentó a Israel Vázquez en un combate de supergallo titulado por los títulos CMB y The Ring. Márquez tenía 32 años y un récord de 37-4 (33), y Vázquez tenía 29 años y un récord de 41-4 (30). Márquez perdió la pelea por asalto 6º TKO y perdió los títulos CMB y The Ring.
El 12 de noviembre de 2000 Rafael Márquez se enfrentó a Genaro Garcia a la edad de 25. Él entró con un récord de 21-3 (20). Márquez perdió la pelea por KO en el asalto 2º.
El 2 de mayo de 1998 Rafael Márquez se enfrentó a Francisco Mateos a la edad de 23. Él entró con un récord de 12-2 (11). Márquez perdió la pelea por TKO en el asalto 3º.
El 14 de septiembre de 1995 Rafael Márquez se enfrentó a Victor Rabanales a la edad de 20. Él entró con un récord de 0-1 (0), y Rabanales tenía 32 años y un récord de 39-14-2 (21). Márquez perdió la pelea por KO en el asalto 8º.
