Aquí está una lista de las mejores peleas de Márquez. Para una lista de las pérdidas de Márquez, consulta "Rafael Márquez Pérdidas".
El 23 de febrero de 2002 Rafael Márquez se enfrentó a Mark Johnson en un combate de gallo a la edad de 26. Él entró con un récord de 27-3 (25), y Johnson tenía 30 años y un récord de 40-2 (27). Márquez detuvo a Mark Johnson por TKO en el asalto 8º.
El 3 de marzo de 2007 Rafael Márquez se enfrentó a Israel Vázquez en un combate titular de supergallo por los títulos CMB y The Ring de Vázquez. Márquez tenía 31 años y un récord de 37-3 (33), y Vázquez tenía 29 años y un récord de 41-3 (30). Márquez detuvo a Israel Vázquez por asalto 7º retiro y se convirtió en el nuevo campeón supergallo mundial.
El 6 de octubre de 2001 Rafael Márquez se enfrentó a Mark Johnson a la edad de 26. Él entró con un récord de 26-3 (24), y Johnson tenía 30 años y un récord de 40-1 (27). Márquez ganó la pelea por asalto 10º decisión dividida.
El 22 de mayo de 2010 Rafael Márquez se enfrentó a Israel Vázquez en un combate de pluma a la edad de 35. Él entró con un récord de 39-5 (35), y Vázquez tenía 32 años y un récord de 44-4 (32). Márquez detuvo a Israel Vázquez por KO en el asalto 3º.
El 31 de enero de 2004 Rafael Márquez se enfrentó a Peter Frissina en un combate titular de gallo por el título FIB. Márquez tenía 28 años y un récord de 31-3 (28). Márquez detuvo a Peter Frissina por asalto 2º TKO y defendió con éxito su título.
