Juan Francisco Estrada tiene cuatro pérdidas contra cuatro oponentes en su carrera de boxeo. Para una lista de las mejores peleas de Estrada, consulta "Mejores peleas de Juan Francisco Estrada".
El 29 de junio de 2024 Juan Francisco Estrada se enfrentó a Jesse Rodríguez en un combate de supermosca (CMB, The Ring) world-title. Estrada tenía 34 años y un récord de 44-4 (28), y Rodríguez tenía 24 años y un récord de 19-0 (12). Estrada perdió la pelea por 7º asalto retiro y perdió los títulos.
El 24 de febrero de 2018 Juan Francisco Estrada se enfrentó a Srisaket Sor Rungvisai en un combate de supermosca world-title por Rungvisai's CMB y The Ring títulos. Estrada tenía 27 años y un récord de 36-3 (25), y Rungvisai tenía 31 años y un récord de 44-4-1 (40). Estrada perdió la pelea por 12º asalto decisión mayoritaria.
El 17 de noviembre de 2012 Juan Francisco Estrada se enfrentó a Román González en un combate de minimosca world-title por González' AMB título. Estrada tenía 22 años y un récord de 26-2 (20), y González tenía 25 años y un récord de 33-0 (28). Estrada perdió la pelea por 12º asalto decisión unánime.
El 14 de mayo de 2011 Juan Francisco Estrada se enfrentó a Juan Carlos Sánchez Jr. a la edad de 21. Él entró con un récord de 18-1 (15). Estrada perdió la pelea por 8º asalto decisión unánime.
