Aquí está una lista de las mejores peleas de Estrada. Para una lista de las pérdidas de Estrada, consulta "Juan Francisco Estrada Pérdidas".
El 13 de marzo de 2021 Juan Francisco Estrada, el campeón de la CMB y The Ring, se enfrentó a Román González, el campeón de la AMB (Super), en un combate de supermosca world-title. Estrada tenía 30 años y un récord de 42-3 (28), y González tenía 33 años y un récord de 50-2 (41). Estrada ganó la pelea por 12º asalto decisión dividida y se convirtió en el campeón de los CMB, The Ring y AMB (Super).
El 3 de septiembre de 2022 Juan Francisco Estrada se enfrentó a Argi Cortes en un combate de supermosca (The Ring) world-title. Estrada tenía 32 años y un récord de 43-3 (28), y Cortes tenía 27 años y un récord de 23-2-2 (10). Estrada ganó la pelea por 12º asalto decisión unánime y defendió con éxito su título.
El 27 de julio de 2013 Juan Francisco Estrada se enfrentó a Milan Melindo en un combate de mosca (WBA (Unified) y OMB) world-title. Estrada tenía 23 años y un récord de 28-2 (20), y Melindo tenía 25 años y un récord de 29-0 (12). Estrada ganó la pelea por 12º asalto decisión unánime y defendió con éxito su títulos.
El 26 de abril de 2019 Juan Francisco Estrada se enfrentó a Srisaket Sor Rungvisai en un combate de supermosca world-title por los títulos CMB y The Ring de Rungvisai. Estrada tenía 29 años y un récord de 39-3 (26), y Rungvisai tenía 32 años y un récord de 47-4-1 (41). Estrada ganó la pelea por 12º asalto decisión unánime y se convirtió en el nuevo campeón supermosca mundial.
El 3 de diciembre de 2022 Juan Francisco Estrada, el campeón de la The Ring, se enfrentó a Román González, el campeón de la CMB, en un combate de supermosca world-title. Estrada tenía 32 años y un récord de 44-3 (28), y González tenía 35 años y un récord de 51-3 (41). Estrada ganó la pelea por 12º asalto decisión mayoritaria y se convirtió en el campeón de los The Ring y CMB.
El 9 de septiembre de 2017 Juan Francisco Estrada se enfrentó a Carlos Cuadras a la edad de 27. Él entró con un récord de 36-2 (25), y Cuadras tenía 29 años y un récord de 36-1-1 (27). Estrada ganó la pelea por 12º asalto decisión unánime.
El 6 de abril de 2013 Juan Francisco Estrada se enfrentó a Brian Viloria en un combate de mosca world-title por los títulos WBA (Unified) y OMB de Viloria. Estrada tenía 22 años y un récord de 27-2 (20), y Viloria tenía 32 años y un récord de 32-3 (19). Estrada ganó la pelea por 12º asalto decisión dividida y se convirtió en el nuevo campeón mosca mundial.
El 23 de octubre de 2020 Juan Francisco Estrada se enfrentó a Carlos Cuadras en un combate de supermosca (CMB y The Ring) world-title. Estrada tenía 30 años y un récord de 41-3 (28), y Cuadras tenía 32 años y un récord de 39-3-1 (27). Estrada detuvo a Carlos Cuadras por 11º asalto TKO y defendió con éxito su títulos.
El 2 de octubre de 2010 Juan Francisco Estrada se enfrentó a Manuel Armendariz en un combate de supermosca a la edad de 20. Él entró con un récord de 16-0 (14). Estrada detuvo a Manuel Armendariz por TKO.
