Fernando Vargas tiene cinco pérdidas contra cuatro oponentes en su carrera de boxeo. Para una lista de las mejores peleas de Vargas, consulta "Mejores peleas de Fernando Vargas".
El 23 de noviembre de 2007 Fernando Vargas se enfrentó a Ricardo Mayorga en un combate de supermedio a la edad de 29. Él entró con un récord de 26-5 (22), y Mayorga tenía 34 años y un récord de 27-6-1 (22). Vargas perdió la pelea por asalto 12º decisión mayoritaria.
El 15 de julio de 2006 Fernando Vargas se enfrentó a Shane Mosley a la edad de 28. Él entró con un récord de 26-4 (22), y Mosley tenía 34 años y un récord de 42-4 (36). Vargas perdió la pelea por TKO en el asalto 6º.
El 25 de febrero de 2006 Fernando Vargas se enfrentó a Shane Mosley a la edad de 28. Él entró con un récord de 26-3 (22), y Mosley tenía 34 años y un récord de 41-4 (35). Vargas perdió la pelea por TKO en el asalto 10º.
El 14 de septiembre de 2002 Fernando Vargas, el campeón de la AMB, se enfrentó a Oscar De La Hoya, el campeón de la CMB, AMB (Super) y The Ring, en un combate titular de semimedio. Vargas tenía 24 años y un récord de 22-2 (20), y De La Hoya tenía 29 años y un récord de 34-2 (27). Vargas perdió la pelea por asalto 11º TKO y perdió su título.
El 2 de diciembre de 2000 Fernando Vargas, el campeón de la FIB, se enfrentó a Félix Trinidad, el campeón de la AMB, en un combate titular de semimedio. Vargas tenía 22 años y un récord de 20-1 (18), y Trinidad tenía 27 años y un récord de 38-0 (31). Vargas perdió la pelea por asalto 12º TKO y perdió su título.
