Aquí está una lista de las mejores peleas de Vargas. Para una lista de las pérdidas de Vargas, consulta "Fernando Vargas Pérdidas".
El 20 de agosto de 2005 Fernando Vargas se enfrentó a Javier Castillejo a la edad de 27. Él entró con un récord de 26-2 (22), y Castillejo tenía 37 años y un récord de 58-5 (40). Vargas ganó la pelea por asalto 10º decisión unánime.
El 4 de diciembre de 1999 Fernando Vargas se enfrentó a Winky Wright en un combate titular de semimedio por el título FIB. Vargas tenía 21 años y un récord de 18-0 (17), y Wright tenía 28 años y un récord de 39-2 (24). Vargas ganó la pelea por asalto 12º decisión mayoritaria y defendió con éxito su título.
El 15 de abril de 2000 Fernando Vargas se enfrentó a Ike Quartey en un combate titular de semimedio por el título FIB. Vargas tenía 22 años y un récord de 19-0 (17), y Quartey tenía 30 años y un récord de 34-1-1 (29). Vargas ganó la pelea por asalto 12º decisión unánime y defendió con éxito su título.
El 12 de diciembre de 1998 Fernando Vargas se enfrentó a Yori Boy Campas en un combate titular de semimedio por el título FIB de Campas. Vargas tenía 21 años y un récord de 15-0 (15), y Campas tenía 27 años y un récord de 44-2 (37). Vargas detuvo a Yori Boy Campas por asalto 7º retiro y se convirtió en el nuevo campeón semimedio mundial.
El 17 de julio de 1999 Fernando Vargas se enfrentó a Raúl Márquez en un combate titular de semimedio por el título FIB. Vargas tenía 21 años y un récord de 17-0 (17), y Márquez tenía 27 años y un récord de 30-1 (20). Vargas detuvo a Raúl Márquez por asalto 11º TKO y defendió con éxito su título.
El 5 de mayo de 2001 Fernando Vargas se enfrentó a Wilfredo Rivera a la edad de 23. Él entró con un récord de 21-1 (19), y Rivera tenía 32 años y un récord de 32-4-1 (20). Vargas detuvo a Wilfredo Rivera por TKO en el asalto 6º.
