Aquí está una lista de las mejores peleas de Márquez. Para una lista de las pérdidas de Márquez, consulta "Juan Manuel Márquez Pérdidas".
El 17 de marzo de 2007 Juan Manuel Márquez se enfrentó a Marco Antonio Barrera en un combate titular de superpluma por el título CMB de Barrera. Márquez tenía 33 años y un récord de 47-3-1 (35), y Barrera tenía 33 años y un récord de 63-4 (42). Márquez ganó la pelea por asalto 12º decisión unánime y se convirtió en el nuevo campeón superpluma mundial.
El 14 de abril de 2012 Juan Manuel Márquez se enfrentó a Serhiy Fedchenko en un combate titular de semiwelter por el título OMB. Márquez tenía 38 años y un récord de 54-6-1 (39), y Fedchenko tenía 31 años y un récord de 30-1 (13). Márquez ganó la pelea por asalto 12º decisión unánime y se convirtió en el nuevo campeón semiwelter mundial.
El 21 de abril de 1997 Juan Manuel Márquez se enfrentó a Agapito Sánchez en un combate de pluma a la edad de 23. Él entró con un récord de 20-1 (14), y Sánchez tenía 27 años y un récord de 20-5-2 (11). Márquez ganó la pelea por asalto 12º decisión unánime.
El 3 de noviembre de 2007 Juan Manuel Márquez se enfrentó a Rocky Juarez en un combate titular de superpluma por el título CMB. Márquez tenía 34 años y un récord de 48-3-1 (35), y Juarez tenía 27 años y un récord de 27-3 (19). Márquez ganó la pelea por asalto 12º decisión unánime y defendió con éxito su título.
El 7 de mayo de 2005 Juan Manuel Márquez se enfrentó a Victor Polo en un combate titular de pluma por los títulos AMB (Super) y FIB. Márquez tenía 31 años y un récord de 44-2-1 (33), y Polo tenía 32 años y un récord de 37-4-3 (26). Márquez ganó la pelea por asalto 12º decisión unánime y defendió con éxito su títulos.
El 31 de julio de 2010 Juan Manuel Márquez se enfrentó a Juan Díaz en un combate titular de ligero por los títulos AMB (Super), OMB y The Ring. Márquez tenía 36 años y un récord de 51-5-1 (37), y Díaz tenía 26 años y un récord de 35-3 (17). Márquez ganó la pelea por asalto 12º decisión unánime y defendió con éxito su títulos.
El 17 de mayo de 2014 Juan Manuel Márquez se enfrentó a Mike Alvarado en un combate de welter a la edad de 40. Él entró con un récord de 56-7-1 (40), y Alvarado tenía 33 años y un récord de 34-2 (23). Márquez ganó la pelea por asalto 12º decisión unánime.
El 18 de septiembre de 2004 Juan Manuel Márquez se enfrentó a Orlando Salido en un combate titular de pluma por los títulos AMB (Super) y FIB. Márquez tenía 31 años y un récord de 43-2-1 (33), y Salido tenía 23 años y un récord de 23-8-2 (15). Márquez ganó la pelea por asalto 12º decisión unánime y defendió con éxito su títulos.
El 13 de septiembre de 2008 Juan Manuel Márquez se enfrentó a Joel Casamayor en un combate titular de ligero por el título The Ring de Casamayor. Márquez tenía 35 años y un récord de 49-4-1 (36), y Casamayor tenía 37 años y un récord de 36-3-1 (22). Márquez detuvo a Joel Casamayor por asalto 11º KO y se convirtió en el nuevo campeón ligero mundial.
El 28 de febrero de 2009 Juan Manuel Márquez, el campeón de la The Ring, se enfrentó a Juan Díaz, el campeón de la AMB (Super) y OMB, en un combate titular de ligero. Márquez tenía 35 años y un récord de 50-4-1 (37), y Díaz tenía 25 años y un récord de 34-1 (17). Márquez detuvo a Juan Díaz por asalto 9º TKO y se convirtió en el campeón de los The Ring, AMB (Super) y OMB.
