Juan Manuel Márquez tiene siete pérdidas contra seis oponentes en su carrera de boxeo. Para una lista de las mejores peleas de Márquez, consulta "Mejores peleas de Juan Manuel Márquez".
El 12 de octubre de 2013 Juan Manuel Márquez se enfrentó a Timothy Bradley en un combate de welter world-title por Bradley's OMB título. Márquez tenía 40 años y un récord de 55-7-1 (40), y Bradley tenía 30 años y un récord de 30-0 (12). Márquez perdió la pelea por 12º asalto decisión dividida.
El 12 de noviembre de 2011 Juan Manuel Márquez se enfrentó a Manny Pacquiao en un combate de welter world-title por Pacquiao's OMB título. Márquez tenía 38 años y un récord de 53-6-1 (39), y Pacquiao tenía 32 años y un récord de 53-3-2 (38). Márquez perdió la pelea por 12º asalto decisión mayoritaria.
El 19 de septiembre de 2009 Juan Manuel Márquez se enfrentó a Floyd Mayweather Jr. en un combate de ligero a la edad de 36. Él entró con un récord de 50-5-1 (37), y Mayweather Jr. tenía 32 años y un récord de 39-0 (25). Márquez perdió la pelea por 12º asalto decisión unánime.
El 15 de marzo de 2008 Juan Manuel Márquez, el campeón de la CMB, se enfrentó a Manny Pacquiao, el campeón de la The Ring, en un combate de superpluma world-title. Márquez tenía 34 años y un récord de 48-4-1 (35), y Pacquiao tenía 29 años y un récord de 45-3-2 (34). Márquez perdió la pelea por 12º asalto decisión dividida y perdió su título.
El 4 de marzo de 2006 Juan Manuel Márquez se enfrentó a Chris John en un combate de pluma world-title por John's AMB título. Márquez tenía 32 años y un récord de 44-3-1 (33), y John tenía 26 años y un récord de 36-0-1 (20). Márquez perdió la pelea por 12º asalto decisión unánime.
El 11 de septiembre de 1999 Juan Manuel Márquez se enfrentó a Freddie Norwood en un combate de pluma world-title por Norwood's AMB título. Márquez tenía 26 años y un récord de 29-2 (22), y Norwood tenía 29 años y un récord de 35-0-1 (21). Márquez perdió la pelea por 12º asalto decisión unánime.
El 29 de mayo de 1993 Juan Manuel Márquez se enfrentó a Javier Duran a la edad de 19. Él entró con un récord de 0-1 (0). Márquez perdió la pelea por 1º asalto descalificación.
