Mark Muñoz tiene seis pérdidas contra seis oponentes en su carrera de MMA. Para una lista de las mejores peleas de Muñoz, consulta "Mejores peleas de Mark Muñoz".
El 28 de febrero de 2015 Mark Muñoz se enfrentó a Roan Carneiro en un combate de medio a la edad de 37. Él entró con un récord de 13-6 (7), y Carneiro tenía 36 años y un récord de 19-9 (10). Muñoz perdió la pelea por ahorcamiento en el asalto 1º.
El 31 de mayo de 2014 Mark Muñoz se enfrentó a Gegard Mousasi en un combate de medio a la edad de 36. Él entró con un récord de 13-5 (7), y Mousasi tenía 28 años y un récord de 34-4-2 (30). Muñoz perdió la pelea por sumisión en el asalto 1º.
El 26 de octubre de 2013 Mark Muñoz se enfrentó a Lyoto Machida en un combate de medio a la edad de 35. Él entró con un récord de 13-4 (7), y Machida tenía 35 años y un récord de 19-4 (9). Muñoz perdió la pelea por KO en el asalto 1º.
El 11 de julio de 2012 Mark Muñoz se enfrentó a Chris Weidman en un combate de medio a la edad de 34. Él entró con un récord de 12-3 (7), y Weidman tenía 28 años y un récord de 8-0 (4). Muñoz perdió la pelea por KO en el asalto 2º.
El 1 de agosto de 2010 Mark Muñoz se enfrentó a Yushin Okami en un combate de medio a la edad de 32. Él entró con un récord de 8-2 (5), y Okami tenía 29 años y un récord de 25-5 (14). Muñoz perdió la pelea por asalto 3º decisión dividida.
El 7 de marzo de 2009 Mark Muñoz se enfrentó a Matt Hamill en un combate de semipesado a la edad de 31. Él entró con un récord de 5-1 (3), y Hamill tenía 32 años y un récord de 6-2 (5). Muñoz perdió la pelea por KO en el asalto 1º.