Joseph Duffy tiene cinco pérdidas contra cinco oponentes en su carrera de MMA. Para una lista de las mejores peleas de Duffy, consulta "Mejores peleas de Joseph Duffy".
El 19 de julio de 2020 Joseph Duffy se enfrentó a Joel Álvarez en un combate de ligero a la edad de 32. Él entró con un récord de 16-5 (14), y Álvarez tenía 27 años y un récord de 16-2 (16). Duffy perdió la pelea por sumisión en el asalto 1º.
El 16 de marzo de 2019 Joseph Duffy se enfrentó a Marc Diakiese en un combate de ligero a la edad de 31. Él entró con un récord de 16-4 (14), y Diakiese tenía 26 años y un récord de 12-3 (7). Duffy perdió la pelea por asalto 3º decisión unánime.
El 4 de noviembre de 2017 Joseph Duffy se enfrentó a James Vick en un combate de ligero a la edad de 29. Él entró con un récord de 16-3 (14), y Vick tenía 30 años y un récord de 11-1 (7). Duffy perdió la pelea por TKO en el asalto 2º.
El 2 de enero de 2016 Joseph Duffy se enfrentó a Dustin Poirier en un combate de ligero a la edad de 27. Él entró con un récord de 14-2 (13), y Poirier tenía 26 años y un récord de 18-4 (15). Duffy perdió la pelea por asalto 3º decisión unánime.
El 1 de octubre de 2011 Joseph Duffy se enfrentó a Ivan Musardo en un combate de ligero titulado por el título Cage Warriors Championship. Duffy tenía 23 años y un récord de 10-1 (9). Duffy perdió la pelea por asalto 4º sumisión.