John Moraga tiene siete pérdidas contra seis oponentes en su carrera de MMA. Para una lista de las mejores peleas de Moraga, consulta "Mejores peleas de John Moraga".
El 25 de agosto de 2018 John Moraga se enfrentó a Deiveson Figueiredo en un combate de mosca a la edad de 34. Él entró con un récord de 19-7 (11), y Figueiredo tenía 30 años y un récord de 14-0 (12). Moraga perdió la pelea por TKO en el asalto 2º.
El 17 de enero de 2017 John Moraga se enfrentó a Sergio Pettis en un combate de mosca a la edad de 32. Él entró con un récord de 16-6 (10). Moraga perdió la pelea por asalto 3º decisión unánime.
El 8 de julio de 2016 John Moraga se enfrentó a Matheus Nicolau en un combate de mosca a la edad de 32. Él entró con un récord de 16-5 (10), y Nicolau tenía 23 años y un récord de 11-1-1 (8). Moraga perdió la pelea por asalto 3º decisión dividida.
El 23 de mayo de 2015 John Moraga se enfrentó a Joseph Benavidez en un combate de mosca a la edad de 31. Él entró con un récord de 16-4 (10), y Benavidez tenía 30 años y un récord de 21-4 (15). Moraga perdió la pelea por asalto 3º decisión unánime.
El 7 de junio de 2014 John Moraga se enfrentó a John Dodson en un combate de mosca a la edad de 30. Él entró con un récord de 14-3 (8), y Dodson tenía 29 años y un récord de 15-6 (9). Moraga perdió la pelea por TKO en el asalto 2º.
El 27 de julio de 2013 John Moraga se enfrentó a Demetrious Johnson en un combate de mosca titulado por el título UFC Championship. Moraga tenía 29 años y un récord de 13-2 (8), y Johnson tenía 26 años y un récord de 10-2-1 (4). Moraga perdió la pelea por asalto 5º sumisión.
El 11 de diciembre de 2010 John Moraga se enfrentó a John Dodson a la edad de 26. Él entró con un récord de 6-1 (3), y Dodson tenía 26 años y un récord de 10-5 (6). Moraga perdió la pelea por asalto 3º decisión unánime.