Raúl Márquez tiene cuatro pérdidas contra cuatro oponentes en su carrera de boxeo. Para una lista de las mejores peleas de Márquez, consulta "Mejores peleas de Raúl Márquez".
El 8 de noviembre de 2008 Raúl Márquez se enfrentó a Arthur Abraham en un combate de medio titulado por el título FIB. Márquez tenía 37 años y un récord de 41-4-1 (29), y Abraham tenía 28 años y un récord de 27-0 (22). Márquez perdió la pelea por asalto 6º retiro.
El 19 de junio de 2004 Raúl Márquez se enfrentó a Jermain Taylor a la edad de 32. Él entró con un récord de 35-3 (24), y Taylor tenía 25 años y un récord de 20-0 (15). Márquez perdió la pelea por retiro en el asalto 9º.
El 17 de julio de 1999 Raúl Márquez se enfrentó a Fernando Vargas en un combate de semimedio titulado por el título FIB. Márquez tenía 27 años y un récord de 30-2 (20), y Vargas tenía 21 años y un récord de 16-0 (16). Márquez perdió la pelea por asalto 11º TKO.
El 6 de diciembre de 1997 Raúl Márquez se enfrentó a Yori Boy Campas en un combate de semimedio titulado por el título FIB. Márquez tenía 26 años y un récord de 28-1 (20), y Campas tenía 26 años y un récord de 40-2 (33). Márquez perdió la pelea por asalto 8º TKO y perdió el título FIB.