Aquí está una lista de las mejores peleas de Inoue.
El 25 de agosto de 2013 Naoya Inoue se enfrentó a Ryoichi Taguchi en un combate de minimosca a la edad de 20. Él entró con un récord de 4-0 (3), y Taguchi tenía 26 años y un récord de 18-1-1 (8). Inoue ganó la pelea por 10º asalto decisión unánime.
El 8 de mayo de 2016 Naoya Inoue se enfrentó a David Carmona en un combate de supermosca (OMB) world-title. Inoue tenía 23 años y un récord de 10-0 (8), y Carmona tenía 25 años y un récord de 20-3-5 (8). Inoue ganó la pelea por 12º asalto decisión unánime y defendió con éxito su título.
El 7 de noviembre de 2019 Naoya Inoue, el campeón de la WBA (Unified), FIB y The Ring, se enfrentó a Nonito Donaire, el campeón de la AMB (Super), en un combate de gallo world-title. Inoue tenía 26 años y un récord de 19-0 (16), y Donaire tenía 36 años y un récord de 40-5 (26). Inoue ganó la pelea por 12º asalto decisión unánime y se convirtió en el campeón de los WBA (Unified), FIB, The Ring y AMB (Super).
El 30 de diciembre de 2014 Naoya Inoue se enfrentó a Omar Narváez en un combate de supermosca world-title por el título OMB de Narváez. Inoue tenía 21 años y un récord de 8-0 (7), y Narváez tenía 39 años y un récord de 43-1-2 (23). Inoue detuvo a Omar Narváez por 2º asalto KO y se convirtió en el nuevo campeón supermosca mundial.
El 4 de septiembre de 2016 Naoya Inoue se enfrentó a Petchbarngborn Kokietgym en un combate de supermosca (OMB) world-title. Inoue tenía 23 años y un récord de 11-0 (9), y Kokietgym tenía 31 años y un récord de 35-7 (16). Inoue detuvo a Petchbarngborn Kokietgym por 10º asalto KO y defendió con éxito su título.
El 6 de abril de 2014 Naoya Inoue se enfrentó a Adrián Hernández en un combate de minimosca world-title por el título CMB de Hernández. Inoue tenía 20 años y un récord de 6-0 (5), y Hernández tenía 28 años y un récord de 29-2-1 (18). Inoue detuvo a Adrián Hernández por 6º asalto KO y se convirtió en el nuevo campeón minimosca mundial.
El 6 de diciembre de 2013 Naoya Inoue se enfrentó a Jerson Mancio en un combate de minimosca a la edad de 20. Él entró con un récord de 5-0 (4), y Mancio tenía 26 años y un récord de 18-3-3 (9). Inoue detuvo a Jerson Mancio por TKO.
El 25 de mayo de 2018 Naoya Inoue se enfrentó a Jamie McDonnell en un combate de gallo world-title por el título AMB (Regular) de McDonnell. Inoue tenía 25 años y un récord de 16-0 (14), y McDonnell tenía 32 años y un récord de 29-2-1 (13). Inoue detuvo a Jamie McDonnell por 1º asalto KO y se convirtió en el nuevo campeón gallo mundial.
El 5 de septiembre de 2014 Naoya Inoue se enfrentó a Samartlek Kokietgym en un combate de minimosca (CMB) world-title. Inoue tenía 21 años y un récord de 7-0 (6), y Kokietgym tenía 29 años y un récord de 17-4 (5). Inoue detuvo a Samartlek Kokietgym por 11º asalto TKO y defendió con éxito su título.
El 16 de abril de 2013 Naoya Inoue se enfrentó a Yūki Sano a la edad de 20. Él entró con un récord de 3-0 (3), y Sano tenía 28 años y un récord de 17-2-4 (12). Inoue detuvo a Yūki Sano por TKO.