Miguel Flores tiene cinco pérdidas contra cinco oponentes en su carrera de boxeo. Para una lista de las mejores peleas de Flores, consulta "Mejores peleas de Miguel Flores".
El 15 de octubre de 2023 Miguel Flores se enfrentó a Sam Goodman en un combate de pluma a la edad de 31. Él entró con un récord de 25-5-1 (12), y Goodman tenía 25 años y un récord de 15-0 (7). Flores perdió la pelea por 12º asalto decisión unánime.
El 5 de diciembre de 2020 Miguel Flores se enfrentó a Eduardo Ramirez en un combate de pluma a la edad de 28. Él entró con un récord de 24-4 (12), y Ramirez tenía 27 años y un récord de 23-2-3 (10). Flores perdió la pelea por 5º asalto KO.
El 23 de noviembre de 2019 Miguel Flores se enfrentó a Léo Santa Cruz en un combate de superpluma world-title por la AMB (Super) título. Flores tenía 27 años y un récord de 24-3 (12), y Cruz tenía 31 años y un récord de 36-1-1 (19). Flores perdió la pelea por 12º asalto decisión unánime.
El 18 de julio de 2017 Miguel Flores se enfrentó a Chris Avalos a la edad de 25. Él entró con un récord de 22-2 (10). Flores perdió la pelea por 5º asalto retiro.
El 21 de febrero de 2017 Miguel Flores se enfrentó a Dat Nguyen a la edad de 24. Él entró con un récord de 22-1 (10). Flores perdió la pelea por 6º asalto TKO.