Jonathan Oquendo tiene siete derrotas contra siete oponentes en su carrera de boxeo. Para una lista de las mejores peleas de Oquendo, consulta "Mejores peleas de Jonathan Oquendo".
El 5 de septiembre de 2020 Jonathan Oquendo se enfrentó a Jamel Herring en un combate de superpluma titulado por el título OMB. Oquendo tenía 37 años y un récord de 31-7 (19), y Herring tenía 34 años y un récord de 21-2 (10). Oquendo perdió la pelea por asalto 8º descalificación.
El 4 de mayo de 2019 Jonathan Oquendo se enfrentó a Lamont Roach Jr. en un combate de superpluma a la edad de 35. Él entró con un récord de 30-6 (19), y Roach Jr. tenía 23 años y un récord de 18-0-1 (7). Oquendo perdió la pelea por asalto 10º decisión unánime.
El 5 de diciembre de 2015 Jonathan Oquendo se enfrentó a Jesús Cuellar en un combate de pluma titulado por el título AMB (Regular). Oquendo tenía 32 años y un récord de 26-5 (16), y Cuellar tenía 28 años y un récord de 27-1 (21). Oquendo perdió la pelea por asalto 12º decisión unánime.
El 12 de julio de 2014 Jonathan Oquendo se enfrentó a Abner Mares a la edad de 30. Él entró con un récord de 24-4 (16), y Mares tenía 28 años y un récord de 26-1-1 (14). Oquendo perdió la pelea por asalto 10º decisión unánime.
El 6 de octubre de 2012 Jonathan Oquendo se enfrentó a Wilfredo Vázquez Jr. en un combate de supergallo a la edad de 29. Él entró con un récord de 22-3 (15), y Vázquez Jr. tenía 28 años y un récord de 21-2-1 (18). Oquendo perdió la pelea por TKO en el asalto 7º.
El 23 de febrero de 2008 Jonathan Oquendo se enfrentó a Juan Manuel López en un combate de supergallo a la edad de 24. Él entró con un récord de 14-2 (9), y López tenía 24 años y un récord de 20-0 (18). Oquendo perdió la pelea por TKO en el asalto 3º.
El 20 de abril de 2007 Jonathan Oquendo se enfrentó a Oscar Andrade a la edad de 23. Él entró con un récord de 12-1 (7). Oquendo perdió la pelea por asalto 6º descalificación.