John Molina Jr. tiene nueve pérdidas contra nueve oponentes en su carrera de boxeo. Para una lista de las mejores peleas de Molina Jr., consulta "Mejores peleas de John Molina Jr.".
El 28 de septiembre de 2019 John Molina Jr. se enfrentó a Josesito López a la edad de 36. Él entró con un récord de 30-9 (24), y López tenía 35 años y un récord de 36-8 (19). Molina Jr. perdió la pelea por TKO en el asalto 8º.
El 16 de febrero de 2019 John Molina Jr. se enfrentó a Omar Figueroa Jr. a la edad de 36. Él entró con un récord de 30-8 (24), y Figueroa Jr. tenía 29 años y un récord de 27-0-1 (19). Molina Jr. perdió la pelea por asalto 10º decisión unánime.
El 10 de diciembre de 2016 John Molina Jr. se enfrentó a Terence Crawford en un combate de semiwelter titulado por los títulos CMB, OMB y The Ring. Molina Jr. tenía 33 años y un récord de 29-7 (23), y Crawford tenía 29 años y un récord de 29-0 (20). Molina Jr. perdió la pelea por asalto 8º TKO.
El 7 de marzo de 2015 John Molina Jr. se enfrentó a Adrien Broner a la edad de 32. Él entró con un récord de 27-6 (22), y Broner tenía 25 años y un récord de 29-1 (22). Molina Jr. perdió la pelea por asalto 12º decisión unánime.
El 13 de septiembre de 2014 John Molina Jr. se enfrentó a Humberto Soto a la edad de 31. Él entró con un récord de 27-5 (22), y Soto tenía 34 años y un récord de 64-8-2 (35). Molina Jr. perdió la pelea por asalto 10º decisión unánime.
El 26 de abril de 2014 John Molina Jr. se enfrentó a Lucas Matthysse en un combate de semiwelter a la edad de 31. Él entró con un récord de 27-4 (22), y Matthysse tenía 31 años y un récord de 34-3 (32). Molina Jr. perdió la pelea por KO en el asalto 11º.
El 7 de junio de 2013 John Molina Jr. se enfrentó a Andrey Klimov a la edad de 30. Él entró con un récord de 25-3 (20). Molina Jr. perdió la pelea por asalto 10º decisión mayoritaria.
El 8 de septiembre de 2012 John Molina Jr. se enfrentó a Antonio DeMarco en un combate de ligero titulado por el título CMB. Molina Jr. tenía 29 años y un récord de 24-2 (19), y DeMarco tenía 26 años y un récord de 27-2-1 (20). Molina Jr. perdió la pelea por asalto 1º TKO.
El 28 de noviembre de 2009 John Molina Jr. se enfrentó a Martin Honorio en un combate de ligero a la edad de 26. Él entró con un récord de 18-1 (14). Molina Jr. perdió la pelea por asalto 10º decisión unánime.